1988–1989

Direktors – Jānis Lasmanis, jurists
Tiek veikta iespējamās muzejas ēkas Peitavas ielā 10/12 arheoloģiskā izpēte, veidots muzeja krājums, veidoti pirmie kino veltīti notikumi, muzejs mitinās Jāņa ielā

1989–1991

Direktors – Māris Deģis
Muzejs pārceļas uz telpām Audēju ielā 8, tiek uzsākta starptautiskā sadarbība, notiek aktīva krājuma papildināšana. 1990. gadā tiek organizēts grandiozs filmas „Zvejnieka dēls” (rež. Vilis Lapenieks, 1939) jubilejas pasākums, kā arī rīkots Vispasaules latviešu kinematogrāfistu saiets. Peitavas ielā pirmā muzeja izstāde „Iespējamības tumsā. Kino Latvijā 1920–1940”.

1991–1993

Direktors – Agris Redovičs, kinozinātnieks
Kino muzeja darbība neatkarīgā statusā; filmas „Akmens un šķembas” (rež. Rolands Kalniņš, 1966) jubilejai veltīts notikums, sagatavots televīzijas raidījums „Tālā gaisma”, veltīts režisora Aleksandra Rusteiķa („Lāčplēsis”, 1930, „Daugava”, 1934) 100. gadskārtai.

1993–2004

Direktore – Inga Pērkone-Redoviča, kinozinātniece
Muzejs piedalās Nacionālā kino festivāla Lielais Kristaps organizēšanā, sagatavo filmogrāfisku informāciju par Latvijas kino vēsturi, uzsāk regulāru izstāžu darbību – sarīkotas ekspozīcijas „Mākslas laiks. Kinohronikām „Māksla” – 30” (1993), „Sapņu inventarizācija. Latviešu aktierkino 75 gadi” (1995), „Kinozvaigznes konspiratīvā dzīvoklī” (1996), „Eduarda Krauca Latvijas laiks” (1998), „Pārrāvums” – latviešu kino trimdas un okupācijas laikā (2001) un citas. Tiek rīkotas starptautiskas vasaras skolas, veidots vērienīgs cikls „Kino gadsimts Latvijā”, izdotas latviešu un pasaules kino veltītas grāmatas un katalogi.

2004–2006

Direktora pienākumu izpildītājs – kinozinātnieks Agris Redovičs

2006–2008

Vadītāja – Elīna Reitere, kino zinātniece
Muzejs tiek pievienots v/a Nacionālais Kino centrs un ver durvis jaunās telpās Peitavas 10, Vecrīgā.

Izveidotas ekpozīcijas: 
– „Jāņa Streiča mistērijas”,
– „Rolanda Kalniņa aizliegtais laiks”,
– „Kustības fenomens”,
-„Rīgas puika Sergejs Eizenšteins”

Šajā periodā arī tiek uzsākts pasaules kinovēstures lekciju un filmu cikls „Tas, ko tu nedrīksti nezināt”, kas norisinās joprojām un ir ilgākais kinolektorijs Rīgā.

2008–2009

Vadītāja pienākumu izpildītāja – Kristīne Matīsa
Latvijas Nacionālā Kino centra informācijas speciāliste; muzejs Nacionālā Kino centra pasparnē aktīvi piedalās Nacionālajā filmu festivālā Lielais Kristaps, kā arī organizē Latvijas Kultūras kanona filmu nozarē iekļauto filmu programmas demonstrēšanu.

2009–2013

Vadītāja – Agnese Zeltiņa, fotogrāfe
Muzejs turpina rīkot lekciju ciklus, animācijas darbnīcas bērniem, izveidotas izstādes „Režisora galds: Leonīdam Leimanim – 100” un “Herca Franka kods”. 
2013. gadā tiek atklāta pastāvīgā digitālā ekspozīcija “Kino skapis”, kas atraktīvā veidā stāsta par latviešu kino vēsturi. 

2014 - 2019

Muzeja vadītāja – Zane Balčus, kopš 2019. gada jūnija – Ieva Andžāne

Muzejā šajā periodā izveidotas sekojošas mainīgās izstādes:
2014. gadā Rīgas – Eiropas kultūras galvaspilsētas ietvaros izveidota izstāde “Kino trofejas” par 1940.-50. gadu kinorepertuāru un kinoapmeklēšanu Rīgā;

2015. gadā – izstāde visu vecumu bērniem par Rozes Stiebras un Anša Bērziņa radošo darbību – ‘“Uzminēt brīnumu”;

2017. gadā tiek atklāta pastāvīga ekspozīcija “Aizekrānija”. 

Kopš 2017. gada ir uzsākts mini-izstāžu cikls par Latvijas kino personībām, kā Ansis Epners, Rolands Kalniņš un Viktors Lorencs, Aloizs Brenčs, Uldis Brauns, Marija Leiko, un citiem. Šobrīd Kino muzejā tiek veidotas vidēji divas līdz trīs mini-izstādes gadā. 

Rīgas Kino muzejs regulāri rīko filmu seansus gan Peitavas 10, gan citās telpās. Tiek rīkotas ceļojošās izstādes, lekciju cikli, kino notikumi, izvērsta starptautiskā sadarbībā ar ārzemju kino institūcijām, popularizējot un kontekstualizējot latviešu nacionālo kino.